北京城发生火药爆炸案！凶手在现场留下印记，要和“铁猴子”玩三个游戏，铁猴子杨天淳被玩的团团转，玉面龙到底是谁？真凶真正的目的竟然是调虎离山，抢劫八旗军饷，杨天淳得如何绝境反击呢？
墨龙鼎，一个看似普通得不能再普通的香炉！数十年，却不断有人因它丧命！ 李少白决定探寻有关福王宝藏的秘密，带着墨龙鼎赶往阴山，却成为众多盗墓者眼中的猎物。吐蕃郡主含笑的魅惑，让李少白误食毒药，幸得菱儿相救才化险为夷。 阴山龙吟寺闹鬼，李少白拜访寺内主持不悔大师，多次遭拒。之后又遭神秘人偷袭，墨龙鼎被毁。而菱儿又被女鬼抓去，危在旦夕。 李少白再次拜访不悔，含笑正带人围攻龙吟寺，向不悔寻仇。危机时菱儿带女鬼出现，才知那女鬼就是含笑的生母，而不悔竟是含笑的父亲，墨龙鼎真正的传人——墨龙之子墨青！
一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。
孙祖耀（岳霄冰 饰）在狱中惨死，和他相关的数名官员亦死于非命，狄八方（六冠城 饰）受命彻查此案，他只有七天的时间。李少白（韩朔 饰）和赵菱儿（李美慧 饰）展开了调查，意外发现武林之中的恶人们竟然不约而同，纷纷聚集到了醉仙楼之中，在这里，酝酿着怎样的阴谋呢？ 原来，恶人们受到了一神秘人物催命鬼的威胁，被其下了毒蛊，以此要挟他们替他卖命，与此同时，五毒教主蓝婆子（刘晨霞 饰）亦现身醉仙楼，她是催命鬼最大的宿敌。一场群魔乱舞的混战在醉仙楼拉开了序幕，而当催命鬼最终丧命之时，赵菱儿发现了一个致命的漏洞，真正的凶手依然隐藏在黑暗之中。
大理寺侍郎顾天凌请少白到将军府暗查其到底有无谋反。少白却意外发现将军二夫人就是之前的绣娘。而本是男人的绣娘竟是夜叉组织大护法笑无常。最终笑无常轻松脱逃，离去前警告少白，将有更多人因他而死。
黄金没有找到，涉案人员也全部毙命，无从查起，白玉堂怀疑林夫人也参与其中，并顺藤摸瓜，牵出了宁王。原来宁王才是幕后的主谋，邵宗子一死，无人能找到黄金的下落。
张一奉命执行一项任务，不想却中了圈套。周冲带着祝英前去营救，里应外合救出张一，并从倭寇手中救出数名村民，将倭寇头子竹下一郎正法，投敌叛国的将军刘猛受到惩罚。周冲和张一祝英正式组成“玄武”小组。
洛阳花会期间三名武林名士神秘死亡，李少白前去查案。之后查出“牡丹使者”与嵇善德为争名向各派弟子下毒手，李少白等人将嵇善德杀死后发现背后仍然有夜叉组织的黑手。
大清道光十六年，山东莱州府闹饥荒且瘟疫横行, 贫民百姓苦不堪言。潍县知县包智令搜刮民脂民膏。莱州知府尹不愁深夜亲临潍县衙门，只为皇上钦派的赈灾银不日将要抵达潍县。二人密谈届时将大部赈灾银中饱私囊之法. 忽然灯火霎时间被熄灭！屋外一声“铁猴子”几乎将二位贪官吓破了胆！县衙众兵力战带着猴子面具的大盗，却哪里是对手！被打得落花流水，也被铁猴子捉弄得颜面尽失。没一会儿功夫，潍县县衙被搞得七零八落，让包智令悲痛欲绝的是，他深藏于内阁的贪污赃银被铁猴子洗劫一空！当晚，无数灾民及穷苦百姓受到了铁猴子的救济。铁猴子原来是潍县人人皆知的“白草堂”医馆。而悬壶济世的杨天淳神医就是行侠仗义，扶危救困，劫富济贫的侠盗铁猴子！一日，杨天淳携医药箱来到潍县边界的“春凤楼”行医。是为一个妓女接生，此女名为辛若兰，生育时难产，若兰伤心欲绝，不想妓院狗腿即刻招呼若兰出外接客，竟还拳打脚踢。杨天淳已然出屋，但又不好出手，恐暴露铁猴子身份。杨天淳只得结结巴巴掏出银两，为若兰赎身。皇帝钦派的赈灾银在莱州境内被盗匪洗劫一空！纳兰索图证明，劫持皇银的正是潍县出名的盗匪铁猴子！如今皇帝命钦赐“玉面老虎”周世通前来潍县缉捕铁猴子，并且命令纳兰索图配合缉拿，将功补过。 皇上下旨缉拿铁猴子，杨天淳非常生气，纳兰索图竟然血口喷人，陷害自己！杨天淳换上铁猴子装束，飞檐走壁，一副绳镖在高屋间荡来荡去，早就在屋顶埋伏的大内高手武三娘和高三戒与铁猴子大战，却根本不是铁猴子对手。铁猴子打败武三娘和高三戒，直取潍县县衙，并且和纳兰索图打在一起。此时，“玉面老虎”周世通赶到，铁猴子中了周世通的七星拳，身受重伤，情急之下撒出铁网，拿了纳兰索图回到药铺。铁猴子质问纳兰索图为何陷害自己，纳兰索图说是铁猴子劫了官银。铁猴子想一定是有人栽赃陷害，不等痊愈，整装外出调查，到了劫案现场，仔细查看。此时纳兰索图又发现劫匪铁猴子似乎很多地方并不像现在站在他眼前的铁猴子。便对若兰说一定是某人假扮铁猴子，故意留活口栽赃陷害。若兰见纳兰索图是个好官。放了纳兰索图。铁猴子在劫案现场仔细观察脚印，发现竟然是七星拳的步法习惯！原来是玉面老虎！此时，埋伏在此的武三娘和高三戒再次和铁猴子交手，高三戒毙命。武三娘被铁猴子的“寒流指”酷刑逼供，说出了周世通的阴谋和银子的下落。铁猴子回到药铺发现若兰放纳兰索图逃跑。铁猴子直奔潍县县衙。此时，纳兰索图已经回去。周世通怀疑纳兰索图和铁猴子对质之后，自己已经败露，意图杀死纳兰索图，这时，铁猴子依然赶到，当场揭穿周世通的阴谋。纳兰索图和铁猴子一起大战周世通。纳兰索图中了七星拳不能动弹，铁猴子当场杀死了周世通。杨天淳和若兰决定南下广东开设百草堂。那里鸦片横行，民生凋敝，黑白两道的坏人都在危害人间。
京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。
多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……
北宋晚期，朝廷内忧外困，武林动荡，夜叉门趁机作乱。京都聚义钱庄遭人洗劫，掌柜钱无用在密室中被杀人焚尸，凶手疑于少林有关。少林顽逆弟子李少白奉命助官府办案，却与开封总捕狄八方不和，冲突不断。 另一方面又有人接连遇害。李少白察觉凶手的本意并非谋财，而真凶仍在钱庄之中。
开封城内，许多孩子神秘失踪，案情与大兴赌坊有关。李少白到赌坊调查，发现赌坊老板韩天佑独子韩星儿也被人掳走。韩天佑是名震江湖的千佛手，而他最大的敌人就是二十年前败在自己手下的赌王玉面罗刹诸葛卿……
方丈慧云离奇失踪，龙山寺求援于杨天淳，杨天淳化身铁猴子潜入秘密组织，发现秘密组织竟然用秘籍、金钱、绑架的方法纠集了一批武功高手进行赌斗，失败者结局就是死，铁猴子得如何揭穿阴谋救出众人呢？
天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人，并展开了关乎正邪交锋、恩怨情仇甚至社稷安慰的最终“绝战”！
开封府师爷张光禄、捕快徐三脚接连被杀，疑犯韩武却宁死不肯认罪，在狱中自杀。 李少白和狄八方到张光禄家中调查，发现张光禄办公的书房已被人烧毁。 神偷龙九总爱查人隐私，在揭穿张光禄妻子和韩武的奸情时，提供了重要线索。与李少白、狄八方二人喝酒时又将玩笑开到了知府大人头上，告诉二人，开封知府孙耀祖和戏班女子绣娘也有奸情。 李少白怀疑张光禄之死和官府账目有关，到库房查账，遭人偷袭，随后立刻带人去戏班抓捕绣娘。 原来，表面清廉的开封知府孙耀祖一直假造账目私吞公款，加入夜叉组织，意图谋反。而一直帮其造假的师爷张光禄记下了两人所有的账目，并借此要挟。孙耀祖让绣娘杀掉张、徐二人，又计划铲除李少白和狄八方。没想到李少白在他之前找到了线索，那本关系着几条人命的账本就藏在张光禄的鸟笼子里。
玲珑山庄主十三燕早已退出江湖，李少白和狄八方却在其房里发现命案物证，然而十三燕中毒多年已成废人，少白查出十三燕好友屈方才是真凶。屈方听令于夜叉组织，下毒抢劫继而栽赃十三燕。
叶霜（秦岚 饰）是含着金汤匙出生的富家千金大小姐，从小过着养尊处优的富裕生活。长大后，叶霜和丈夫凌锋（高圣远 饰）结婚，婚后两人十分恩爱。没多久，叶霜就怀孕了，顺利诞下了可爱的小女儿，一家三口的生活幸福美满堪称典范。然而，在忽然之间，这美好的一切都消失了，丈夫和女儿的无故失踪以及绑匪索要的巨额赎金让叶霜陷入了绝望之中。 叶霜向警方求助，却因此意外的遇见了前男友姚杰（林家栋 饰），姚杰通过重重的调查发现这起案件背后十分蹊跷，而千丝万缕的线索都指向了叶霜的父亲叶城（任达华 饰）。然而，就在这个节骨眼上，叶城亦遭遇意外死亡，一下子，所有的线索都断了链，案件再度陷入了扑朔迷离之中。
一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……
神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。
百草堂在京城开设，杨天淳见识到区别于中医的西医。京城突然有人到处滥杀洋人，他们下一个目标就是英国大使，铁猴子几经波折发现凶手真面目竟然是自己的奶妈，杨天淳到底该如何抉择呢？
神爷大婚，发请帖给杨天淳和辛若兰。杨和辛赴约竟然发现离奇怪事，本该被问斩的包智令似乎未死，众人前往当年刽子手处探查，不想刽子手全家发生血案，线索直指包智令。铁猴子下定决心要除恶务尽，事情却没那么简单。
杨天淳与辛若兰看戏回来之时发现有父母在苦寻自己失踪的子女。杨天淳迅速找到京城衙门询问情况。原来京城突然发生儿童失踪案，因为失踪的八个孩子都是富商子女，京城衙门最初以为是常见的绑架案，一直月余也不见绑匪前来索要赎金。杨天淳结合各种线索发现绑匪竟然是最近京城声名鹤起的“乱波幻术团”，“乱波幻术团”发请帖请各位富商带孩子来看表演，竟然在台上众目睽睽之下把孩子们都变没了。粘杆处曾找到京城各个变戏法、魔术吃饭的手艺人询问，这个幻术团表演手法均不是寻常的戏法、彩戏或魔术。当线索陷入困局之时，蒋子娇突然来到百草堂告诉杨天淳一个噩耗！龙山寺被灭门了！ 蒋子娇对杨天淳及若兰述说了当然她所见所闻，她与山上小和尚衍空和尚下山化缘逃过了灭门惨案，化缘回来之后曾经见过行凶者的身形，竟然是扶桑来的忍者！蒋子娇当时用遁形术逃过了忍者追杀，而小和尚衍空为了掩护蒋子娇牺牲了。听完蒋子娇的述说杨天淳随即动身快马加鞭赶往龙山寺，杨天淳一行人来到了被灭门的龙山寺，综合所有线索确定了忍者来次灭门的目的——为了龙山寺的武功秘籍，令人没想到的事，忍者突然袭击杨天淳一行人，并使用了幻术对付杨天淳，一番激斗之下，忍者众不敌杨天淳。杨天淳通过与忍者交手并结合在京城搜集到的证据，确认了京城绑架案亦是忍者所为。 这些忍者都是被德川幕府剿灭的伊贺流忍者的遗孀，为了向德川幕府复仇证明忍者们的价值，来到中国寻根问祖的，而当年传下忍术的即是龙山寺东渡日本的被伊贺忍者奉为祖师的暗夜修罗，她们通过祖先及忍者头目雾隠才蔵告诉她们的传说，希望通过传说抓取童男童女来炼成传说中的式神，现在她们就差杨天淳的血液。 杨天淳一行人为了引蛇出洞，回到了京城，纳兰索图告诉他们从日本派来了一位专门对抗忍者的武士——河上彦斋，杨天淳与河上彦斋碰面之后，河上彦斋仔细的告诉杨天淳关于日本忍者的武艺、修习、历史、所擅长的一切，并给杨天淳看了集忍术大成的秘籍《万川集海》，德川幕府曾惧怕忍者，而武士们不齿忍者下三滥、不荣誉的所为，德川幕府下令剿灭伊贺忍者集团，而河上彦斋就是杀死这些女忍者丈夫的人。 弄清一切之后，杨天淳、河上彦斋等人迎战追踪而来的忍者众，在一片混战之中，铁猴子杨天淳准备变身对敌之时，河上彦斋竟然反身攻击铁猴子，把其制住逼入绝境，没想到河上彦斋就是末代伊贺流忍者雾隠才蔵！雾隠才蔵一只使用易容术化身河上彦斋，利用河上彦斋的身份弄清龙山寺传人是谁，现在他得到了杨天淳的血液，在日蚀之下开始式神的召唤。日蚀过去，传说中的式神终究没有出现，若兰赶来救下了铁猴子，在杨天淳和辛若兰的解密之下世间根本没有式神这种怪力乱神的东西，复兴伊贺的梦想破碎了的忍者们被铁猴子打败。铁猴子成功解救了众幼童。
屠龙会虽被剿灭，但杀机仍在。皇帝得知包拯与白玉堂打掉屠龙会的计划后并不买账，让包拯还乡。新杀戮开始，白玉堂靠自己的武功和机智摆脱追杀，却被定为通缉重犯，经追查，幕后主使终出现，真相大白，包拯官复原职。
